Код
set $a findimage (1154, 36 1359, 242 (C:\Users\Пользователь\Desktop\рисунки для пилота\EXIT2.bmp) %arr 2 90 20 5)
set $b findimage (1147, 32 1363, 249 ($path%image[#i].bmp) %arr 2 90 20 5 )
if $a > 0 and $b = 0
set #x %arr [1 1] + 7
set #y %arr [1 2] + 6
Результаты поиска записываются в один и тот же массив - %arr, по сути перезаписываются.
Используйте разные имена, например: %arr и %arr1 или %arr и %brr.