Я лично не ощутил проблем с сериализациями при работе в обоих вариантах. Так или иначе, если есть проблемы, через консоль показывает характер ошибок связанных с загрузками.
А что касается общей компиляции и экономии времени - это реально удобнее, и когда работаешь над проектом годами, экономия на каждой компиляции тех же 20 секунд - дает огромное кпд (IMG:
style_emoticons/default/smile.gif). Ну и плюс общий вывод в одном месте, не приходится расслаиваться.
Единственное на мой взгляд, чего стоит опасаться, из серии "неподготовленных рук", это когда начинают подключать пространство имён скриптов в сервере, и получается каша c поломанной ахритектурой и рядом зависимостей.
Если это шард Nova, то там так и сделано, объединение ядра со скриптами в одном проекте.