Если у тебя все окна с абсолютно разными названиями и не ищутся одним вызовом findwindow, то и это не беда. Когда заводишь окна их все можно переименовать, добавив уникальное название, например MyGame.
Код
log clear
// Открываю несколько окон Блокнота
set %port findwindow("Блокнот") // ищу все окна
set $NewName %port[1 2]MyGame // добавляю к первому блокноту имя MyGame
set #handle %port[1 1] // это хендл - его в следующий оператор только так подставлять
set #a SetWindowtext (#handle $NewName) // - переименовали
// потом искать так findwindow("MyGame")
end_script