В свёрнутом окне не будет работать.
В перекрытом возможно, зависит от приложения.
Если привязка к родительскому окну, то может быть смещение. Например, в мозиле +4 пикселя по X, если окно на весь экран или +2, если не на весь.
Т. е. чтобы проверить цвет в координатах 997, 628. Надо указывать 999 628 или 1001 628.
Код
if color (999, 628 #Win) = 11319512
Причём #Win - это родительское окно.
В каждом приложение смещение разное.