Есть такая проблема, я решаю методом сворачивания "ненужных" окон. Пример для lua, но смысл думаю будет понятен.
Код
x,y,w,h=windowpos(ok[#ok][1]) -- Получение параметров окна браузера (#ok - всегда первичное окно)
while true do -- Пока не будут свёрнуты все окна перекрывающие заголовок окна браузера
h=tonumber(windowfrompoint(x,y,"child")) -- Поиск хендла очередного окна перекрывающего окно браузера
if h~=ok[#ok][1]then showwindow(h,"MINIMIZE") else break end -- Если хендл найденного окна отличается => Сворачивание найденного окна
end
При первом вызове всё работает как надо, сия проблема возникает при повторных действиях.