Есть такая проблема, я решаю методом сворачивания "ненужных" окон. Пример для lua, но смысл думаю будет понятен.
Код
x,y,w,h=windowpos(ok[#ok][1])                                          -- Получение параметров окна браузера (#ok - всегда первичное окно)
while true do                                                          -- Пока не будут свёрнуты все окна перекрывающие заголовок окна браузера
  h=tonumber(windowfrompoint(x,y,"child"))                             -- Поиск хендла очередного окна перекрывающего окно браузера
  if h~=ok[#ok][1]then  showwindow(h,"MINIMIZE")  else  break  end     -- Если хендл найденного окна отличается => Сворачивание найденного окна
end
При первом вызове всё работает как надо, сия проблема возникает при повторных действиях.