Умею хорошо писать скрипты, и задался вопросом: можно ли скрипт "запихать" в какую-то оболочку, чтобы выглядело, как полноценная программа? Или для этого надо изучать другой язык программирования и создавать другую программу?

В пилоте нельзя.
И зачем оно надо? Можно и так в свойствах ярлыка указать скрипты для запуска, сворачивать пилот в трей. Ничего не изменится если это будет exe.

Спасибо